Créé au plus fort des guerres en ex-Yougoslavie, ce projet est né en 1994 du constat que les sciences humaines et la culture, faisant l’objet de manipulations ethnonationalistes, se voyaient menacées dans leurs fonctions critiques. Durant onze ans, ce programme a contribué aux processus de démocratisation dans l'Europe du Sud-Est et mis en exergue le rôle important de la culture et des savoirs dans le dépassement des fragmentations sociales.
Il a généré des échanges durables entre universitaires et étudiants des Balkans et ceux des pays de l'Union européenne, s'inscrivant ainsi en faux, durant de nombreuses années, contre la marginalisation de facto d'une partie de ces pays à travers le processus d'élargissement de l'Union européenne.
Par des actions de formation alternative, de recherche et de mise en réseau, ce programme a renforcé l’autonomie des savoirs et l’indépendance de la réflexion crtique sur les enjeux sociaux et politiques des sociétés contemporaines.
De 1994 à 2003, Transeuropéennes a mobilisé pour son programme "Démocratisation et savoirs" (anciennement nommé "Altérités et construction démocratique dans l'Europe du Sud-Est" et, à ses tout débuts, "Perspectives de voisinage dans l'Europe du Sud-Est") de nombreux partenaires institutionnels, des collectivités locales, des fondations, des associations et ONG, des universités, instituts de recherche, lieux alternatifs de formation, des médias...